L’any 1045 es van reunir algunes de les més altes dignitats del país per beneir i establir els termes on s’havia d’edificar una església en honor de Sant Miquel arcàngel.
L’església es va consagrar l’any 1066 amb l’assistència de Berenguer, bisbe de Girona, i Guifré, arquebisbe de Narbona, ambdós nebots de l’abat Oliba, i amb la presència dels bisbes d’Osona, Barcelona, la Seu d’Urgell i Elna.
L’època d’esplendor del monestir va ser des de finals del segle IX fins a mitjans del XIV i va mantenir la seva activitat monàstica, amb monjos benedictins, fins a l’exclaustració l’any 1835.
L’església és de planta basilical amb un curt transsepte i una capçalera amb tres absis. A l’interior es conserven 22 capitells.
A l’altar lateral dret, hi ha la Mare de Déu de Gràcia, imatge gòtica i a l’altar lateral esquerra, la imatge de Sant Miquel.
La fisonomia del conjunt ha canviat a causa de la fortificació que es va afegir a l’edifici original, potser de l’època de la guerra Civil Catalana (1462-1472). La portada també és obra posterior, duu la data de 1532, època en què es van fer altres reformes a l’edifici, notablement a la façana i el cor.
Cal esmentar també el seu campanar llombard, també fortificat.
Al sud de l’església s’estenia el claustre, excavat en els darrers anys.