L’església monàstica es va consagrar l’any 1066, data en que es confirma també la seva dependència de Cuixà. El monestir de Fluvià va resultar afavorit per les donacions dels comtes d’Empúries i també del comtat de Barcelona (segles XI i XII) també fou beneficiari de diverses donacions dels senyors d’Oltrera (Rosselló).
Sant Miquel de Fluvià posseïa l’església de Santa Coloma de Matella, on al segle XIV s’hi va instal·lar una comunitat de monges benedictines. Sant Miquel de Fluvià fou annexionat a Sant Pere de Galligants, fet del que hom té constància, al menys, des del 1613. Va mantenir la seva activitat monàstica fins l’exclaustració de 1835. Ara és l’església parroquial de la població del mateix nom que s’estén al seu voltant.
Es conserva l’església de planta basilical amb un curt transsepte i amb una capçalera amb tres absis, la mateixa que es va consagrar el 1066. A l’interior es conserva una bona sèrie de capitells amb funcions arquitectòniques, a més d’altres que podrien procedir del claustre desaparegut.
En un altar lateral es conserva una imatge gòtica de la Mare de Déu. La fisonomia del conjunt ha canviat a causa de la fortificació que es va afegir a l’edifici original, potser de l’època de la guerra Civil Catalana (1462-1472). La portada també és obra posterior, duu la data de 1532, època en que es van fer altres reformes a l’edifici, notablement a la façana i el cor.
Cal esmentar també el seu campanar llombard, també fortificat. Al sud de l’església s’estenia el claustre, excavat en els darrers anys. També es conserven altres dependències d’època molt posterior a l’església, que després es van transformar en habitatges.